A keresztény vallás elterjedésével, s egyben uralkodó világnézetté válásával, újból megjelent az a gondolat, hogy az abnormális viselkedést mutató egyedeket valami megszállta, csak ezúttal nem egy szellem, hanem az ördög. Azokat pedig, akiket a gonosz megszállt, nem egyszerűen áldozatnak tekintették, akin segíteni kell, hanem a sátán cinkosának. Ismét előtérbe került a büntetés. Az elmebetegek „kezelésére” újból a test sanyargatásával került sor.

A XIII. században megalakuló inkvizíció ezt tovább fokozta. Az eretneküldözés során nem csak azokat küldték a halálba, akik nem vallották vagy tagadták a hivatalos nézeteket – vagy akikre rá akarták bizonyítani, hogy tagadták őket –, hanem az elmebetegeket is. Ők is a sátánnal való cimborálásért bűnhődtek.

A XV. században kezdett oldódni valamelyest a helyzet, amikor is kifejezetten elmebetegek számára hoztak létre „börtönöket”. De ezzel csak a halálbüntetést úszták meg, gyógyításról még mindig nem esett szó. Mocskos cellákban, ketrecekben, láncra verve tartották a betegeket még évszázadokon át.

Egy idő után az ilyen intézményeket kórháznak kezdték hívni. Ilyen volt a világ egyik legrégibb pszichiátriai intézete, a francia Betlehem Királyi Kórház is, ahol belépőjegyeket is árusítottak, s az, aki akarta, megnézhette a betegeket, mint az állatokat az állatkertben. Orvosi ellátást azonban az itteni bentlakók is csak nagyritkán kaptak.

Az egyik legelső orvos, akiről a feljegyzések azt mutatják, hogy egészségügyi szempontból tekintett az elmebetegekre, a XVIII. században élt Dr. Will Battie volt, a Királyi Orvosi Intézet elnöke.

A másik nagy „kísérletezőnek” az a Philippe Pinel tekinthető, aki az egyik párizsi elmegyógyintézet igazgatójaként, az addig hivatalos állásponttal szembe szállva, tiszta kórtermekbe költöztette betegeit. Körülbelül vele kezdődött meg az a változás, ami a pszichiátria sötét középkorának végét jelentette.